Du har rätt, MySQL tillåter dig att skapa frågor som är tvetydiga och har godtyckliga resultat. MySQL litar på att du vet vad du gör, så det är ditt ansvar att undvika sådana frågor.
Du kan få MySQL att tillämpa GROUP BY på ett mer standardiserat sätt:
mysql> SET SQL_MODE=ONLY_FULL_GROUP_BY;
mysql> select EMP_ID, SALARY
from EMPLOYEE_PAY_TBL
group by BONUS;
ERROR 1055 (42000): 'test.EMPLOYEE_PAY_TBL.EMP_ID' isn't in GROUP BY