Om du försöker tänka för mycket på hur du strukturerar din data för sökning, finns det en god chans att du missar en viktig sökning som du verkligen kunde ha använt i din app.
Alternativt (och detta är av erfarenhet) slutar du med att du återuppfinner alla möjliga indexeringstekniker.
Jag har viss erfarenhet av lucene (det finns java- och .net-versioner, det fanns en C-port men jag är inte säker på hur levande den är nuförtiden) - och den kan göra fantastiska saker med data som lagras i vilken struktur som helst.
Jag gillar utseendet på couch db, det beror bara på hur mycket du vill experimentera med något nytt och kraftfullt, eller gå för något som (för närvarande) är ganska stridshärdat:lucene.