Jag vet inte graden av ren Python du vill använda för kopian, men du kan bara delegera hela röroperationen till skalet.
subprocess.Popen('mysqldump -h localhost -P 3306 -u -root mydb | mysql -h localhost -P 3306 -u root mydb2', shell=True)
Detta bör fungera på samma sätt som det fungerar när du kör det på skalet.