Din fråga täcker ett mycket komplext ämne med många frågor som måste övervägas innan du bestämmer dig för en lösning. Faktorer som mängden data som ändras per tidsintervall, nätverksanslutningens bandbredd och latens, nätverksanslutningens tillförlitlighet, datasäkerhet, autentisering, auktorisering, säkerhetskopiering och återställningsprocedurer, fail over och feltolerans är bara början.
Den här artikeln från Amazon diskuterar replikering av en MySQL-databas på plats till RDS. En intressant godbit från den här artikeln är:
Migrera MySQL-data på plats till Amazon RDS