Som @Fabrice- SonarQube Team föreslog att du kör SonarQube Server ovanpå Mysql. Om du vill kontrollera kan du kontrollera i filen Sonar.properties.
för att ta bort detta problem måste du ändra my.cnf(Linux) eller my.ini(för Windows).
[mysqld]
max_allowed_packet=256M
om du vill ställa in samma Globally.Logga in på Mysql och kör följande kommando.
SET GLOBAL max_allowed_packet=1073741824;
När du har gjort de här inställningarna, starta om Mysql Server.