Om någon annan snubblar över samma problem, och för att spara två timmar på att gräva igenom PHP-källan, fungerar PDO MySQL IPv6-anslutningar om du sätter hakparenteser runt adressen.
Se:https://github.com /php/php-src/blob/master/main/streams/xp_socket.c#L568
t.ex.
$pdo = new PDO("mysql:host=[1234:5678::42];port=3306;dbname=foo", ...);