Du kan använda ett tillfälligt bord. Låt php-appen infoga allt i temptabellen och ring sedan en fråga som har den här typen av logik.
insert into mainTable
(field1, field2, etc)
select field1, field2, etc
from tempTable
where (subquery to check for existing records goes here)
Eller så kan du använda try/catch. Jag kan inte php-syntaxen men eftersom många andra språk kan göra den här typen av saker, skulle jag förvänta mig att php också skulle kunna göra det.
try
code to insert record
catch
if the error code is the one for duplicate records, do nothing.
if it's something else, handle it accordingly.