Har äntligen kommit på vad som var mitt problem.
python-mysql.connector var inte ett py3-paket och apt-get eller aptitude föreslog en sådan version.
Jag lyckades installera det med pip3 vilket inte var så enkelt på ubuntu 12.04 eftersom det bara är buntat med ubuntu från och med 12.10 och paketet har inte samma namn under pip...
example@sqldat.com:$sudo apt-get install python3-setuptools example@sqldat.com:$sudo easy_install3 pip example@sqldat.com:$ pip --version pip 1.4.1 from /usr/local/lib/python3.2/dist-packages/pip-1.4.1-py3.2.egg (python 3.2) example@sqldat.com:$sudo pip install mysql-connector-python