Två alternativ att överväga:
1) det enklaste är att inkludera flera rader med värden på en infogning. Det här är mycket, mycket snabbare än att göra flera insatser.
Inställt för att göra INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals )
, gör något som INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals ), ( vals ), ( vals )
Mängden rader du kan infoga på en gång beror på den maximala paketstorleken för mysql-servern, men du kan förmodligen göra 100, 1000, kanske 10000 rader säkert och det borde ge dig en prestandaökning i en storleksordning eller mer.
Se http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.5/en/insert-speed.html
2) LADDA DATAINFIL är lite annorlunda, kräver mer arbete och har sina egna krav, men är väldigt väldigt snabb.