Flask-MySQL använder MySQL-Python, som inte stöder Python 3, och det har funnits en öppet problem om det I över ett år. Använd istället Flask-MySQLdb, som använder MySQLclient.
pip install flask-mysqldb
Eller använd SQLAlchemy, ett mycket kraftfullare gränssnitt för att arbeta med databaser.
pip install flask-sqlalchemy mysqlclient