Försökte bara här (inte 100 % säker) men försökte du lägga till målkolumnerna så här:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Du har tre kolumner i tabellen och tillhandahåller bara två data.