Du behöver 2 CASE-uttryck:
SELECT f.id,
CASE WHEN id_user IS NOT NULL THEN url END url,
CASE WHEN id_user IS NULL THEN landing_page END landing_page
FROM funzioni f
LEFT JOIN funz_abilitate fa ON fa.id_funzione = f.id AND fa.id_user = $id
Du måste också kvalificera alla kolumnnamn med tabellens namn/alias för att undvika oklarheter.