Du har kombinerat kommaseparerad koppling och Inre koppling där du har använt samma tabell mer än en gång vilket inte behövs.
Om jag inte har fel är detta vad du letar efter
SELECT `order`.`DATE`,
`order`.`day`,
shop.shop_name,
item.item_name,
scan.stack,
scan.stack_price,
scan.price,
scan.note
FROM `order`
join scan
ON `order`.order_id = scan.order_id
join shop
ON `order`.shop_id = shop.shop_id
join item
ON scan.item_id = item.item_id