Jag hittade en lösning:
Istället för att använda engångshändelser och återaktivera dem med en ny starttid (som fungerar perfekt så länge som bara en händelse är inblandad), skapar jag nu återkommande händelser och ändrar dem i deras kropp. Så att till exempel använda
ALTER EVENT `bot1`
ON SCHEDULE EVERY 52 MINUTE;
i sin kropp går boten nu och sover i 52 minuter. Med den här metoden fungerar även flera händelser som förväntat och oberoende av varandra.
Vet fortfarande inte vad problemet med det första försöket är, men att ha en fungerande lösning är viktigast :)