Jag upptäckte att detta inträffade när MySQL använde för mycket RAM. Denna fråga och det här inlägget båda hjälpte till med ett sätt att testa och en lösning.
För mig, lägga till detta i min /etc/mysql/my.cnf filen löste problemet.
innodb_buffer_pool_size = 12M
Så här bestämde jag mig för hur mycket minne jag skulle tilldela. Starta allt utom MySQL och kolla hur mycket minne som är ledigt. Ställ in din InnoDB-buffert på 10 % av det beloppet. För mig var det 12 miljoner.