Så vitt jag vet kan du inte skicka variabler direkt till ett MySQL-skript. Det bästa du kan göra är att ställa in användarvariabler i ett omslagsskalskript. Något i stil med:
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Justera för faktisk användning, naturligtvis.