Jag tror att du bara vill ha villkorlig aggregering, inte underfrågor:
select Max(Counting) as Total, student, stdType,
sum(case when score = '3' then 1 else 0 end) as Score3,
sum(case when score = '4' then 1 else 0 end) as Score4
from #tempBWMSHonors3
group by student, stdType;
Obs:om poäng är ett tal och inte en sträng, bör du inte använda enstaka citattecken för konstanten.