Även mySQL JDBC-drivrutinen har polerats under en lång period och har flera optimeringsjusteringar, som cachning av metadata. Jag skulle bli förvånad över att JDBC-utvecklarna skulle ha lämnat mycket TCP/IP-overhead i drivrutinen.
Att gå över JNI till den C-baserade implementeringen skulle förmodligen kosta mer att hoppa till inbyggd kod än vad som kan erhållas från minskad TCP/IP-overhead.
Om du verkligen vill ta bort TCP/IP-overheaden kan du överväga att använda en inbäddad databas som sqlite, derby eller hypersonic.