För att ansluta via en port (och inte standard 3306), använd:
mysqldump -u root -pmypassword -P 3308 dbname > out.sql
Förutom det, ett enkelt test för att se om MySQL svarar vid port 3308 är att prova telneting:
telnet 127.0.0.1 3308
Om MySQL lyssnar på port 3308, kommer den att svara med ett felmeddelande och versionen som körs.