Hur använder man flera databaser med php?

Du behöver inte två anslutningar, om båda databaserna finns på samma mysql-server och du kommer åt dem båda som unik användare.

Du behöver inte heller välja en DB.
Använd bara databasnamnet som prefix när du anger tabellerna:

<?php

mysql_connect("localhost","root","pass") or die(mysql_error());

$query = "SELECT * FROM asteriskcdrdb.cdr";
$result = mysql_query($query)or die(mysql_error());
var_dump($result);

$query2 = "SELECT * FROM pj8v2.tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2)or die(mysql_error());
var_dump($result2);

?>

Det verkliga problemet i din kod är:det kan bara finnas en aktiv DB, den borde fungera så här:

<?php

$conn1 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd") or die(mysql_error());   
$conn2 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd",true) or die(mysql_error());

mysql_select_db("asteriskcdrdb",$conn1);
$query = "SELECT * FROM cdr";
$result = mysql_query($query,$conn1);

var_dump($result);


mysql_select_db("pj8v2",$conn2);
$query2 = "SELECT * FROM tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2,$conn2);

var_dump($result2);

?>

Även om det inte finns något behov av 2 anslutningar, kan du välja båda DB:erna med samma anslutning.