Jag stötte på exakt samma problem idag efter att ha gjort en förändring som inte borde påverka Doctrine på något sätt (jag ändrade en Kvist mall). Efter en tid insåg jag att eftersom det är ett konstigt kompileringsfel vid ett konstigt ögonblick, förmodligen restarting php-fpm skulle göra susen. Och det gjorde det.
Omstart av Apache kanske gör samma sak om du är på mod_php .