Välj och infoga i flera databaser med MySQL

Använd:

INSERT INTO db1.table1
SELECT *
  FROM db2.table2 t2
 WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
                    FROM db1.table1 t1
                   WHERE t1.col = t2.col)

Existensen är förenklad, men du utelämnade om det finns en primärnyckel/auto_increment att oroa sig för/etc.