Du behöver SHOP på VÄNSTER sida, eftersom den högra sidan är den som kanske inte har data, i det här fallet PRODUKT.
Inte bara det, du behöver WHERE-villkoret som ett LEFT-JOIN ON-villkor, så att det ansluter till produkter med statusvillkoret och bara ger rabatt på produkten (medan du håller butiken) även om statusen inte önskas.
select s.name
, p.name
, count(p.id)
from Shop as s
left join Product as p on p.shop=s.id AND p.status <> '8796107276379'
group by
s.id, p.name