I din mysql-konfigurationsfil (vanligtvis /etc/mysql/my.cnf) bör du ha en datadir-egenskap, vilket är platsen där mysql kommer att spara sina data
Något i stil med:
datadir = /var/lib/mysql
Den skapar sedan en underkatalog inuti den för varje databas där den kommer att lagra databasinnehållet (ex:/var/lib/mysql/mydatabase). Så vitt jag vet kan du inte ange en särskild databas som ska lagras utanför datadir.