Mitt svar är sent, men det kan hjälpa framtida läsare.
Jag har haft samma problem. När du läser MySQL-dokumentation om MySQL-kommandoalternativ , jag har upptäckt att du kan använda --init-command parameter.
Så din kommandorad blir helt enkelt:(-v för verbose och är valfritt)
mysql --init-command="SET autocommit=0;" -v < sql_file.sql