mysqlhotcopy fungerar inte i vissa fall där läslåset är förlorat, och fungerar inte med INNODB-tabeller.
mysqldump är mer använd eftersom den kan säkerhetskopiera alla typer av tabeller.
Från MySQL-dokumentationen
mysqlhotcopy är ett Perl-manus som ursprungligen skrevs och bidrogs av Tim Bunce. Den använder LOCK TABLES, FLUSH TABLES och cp eller scp för att snabbt göra en databassäkerhetskopiering. Det är det snabbaste sättet att göra en säkerhetskopia av databasen eller enstaka tabeller, men det kan endast köras på samma maskin där databaskatalogerna finns. mysqlhotcopy fungerar endast för säkerhetskopiering av MyISAM- och ARCHIVE-tabeller. Den körs på Unix och NetWare
mysqldump klient är ett säkerhetskopieringsprogram som ursprungligen skrevs av Igor Romanenko. Den kan användas för att dumpa en databas eller en samling databaser för säkerhetskopiering eller överföring till en annan SQL-server (inte nödvändigtvis en MySQL-server). Dumpen innehåller vanligtvis SQL-satser för att skapa tabellen, fylla i den eller båda. Men mysqldump kan också användas för att generera filer i CSV, annan avgränsad text eller XML-format.
Hejdå.