Vi löste det här problemet genom att bara ställa in useLocalSessionState=true i anslutningssträngen.
Länken nedan förklarar detaljerna om skrivskyddade ändringar som hände från Mysql5.6 och java-anslutningen 5.1.23.http://dev.mysql.com/doc/relnotes/connector-j/en/news-5-1-23.html