Det är definitivt möjligt att köra WordPress som ansluter till MS SQL Server. Vi kör en sådan instans i produktionen på mitt företag. Här är två inlägg som beskriver processen att använda WordPress med MS SQL Server och IIS. Jag använder en sådan konfiguration just nu på min lokala box.
http://techsugar.wordpress.com/2011/03/02/how-to-install-wordpress-on-iis-7-5-using-sql-server-2008/
http://wordpress.visitmix.com/development/installing-wordpress -på-sql-server