Du kan redigera hela strängen. .
Jag menar bara att använda str_replace-funktionen
t.ex.
$string = "skype,teamviwer,notepad";
$old_value = "skype";
$new_value = "facebook";
$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);
Uppdatera sedan helt enkelt denna nya sträng till databastabell. .