Redigera din /etc/mysql/my.cnf-fil och se till att du allokerar tillräckligt med minne till InnoDB-buffertpoolen. Om detta är en dedikerad server kan du förmodligen använda upp till 80 % av ditt systemminne.
# Provide a buffer pool for InnoDB - up to 80% of memory for a dedicated database server
innodb_buffer_pool_size=614M
De primära nycklarna är B-träd, så insättningar tar alltid O(logN)-tid och när du får slut på cacheminnet kommer de att börja byta som galningar. När detta händer kommer du förmodligen att vilja partitionera data för att hålla insättningshastigheten uppe. Se http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/en/partitioning.html för mer information om partitionering.
Lycka till!