Jag antar att du använder InnoDB (du borde ändå...)
Så läs följande kapitel från High Performance MySQL 2ed, s.117:http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117&ots=COPMBdqu7=COPMB0innnod%2dqvA7=COPMB0innclus 20index%20high%20performance%20mysql&pg=PA117#v=onepage&q&f=false
I allmänhet är UUID ett dåligt val ur prestandasynpunkt (på grund av klustrade index) och de har ett riktmärke för att bevisa detta.