Du måste formatera datum i PHP så att det är i formatet MySQL vill ha.
Prova detta:
$this->db->where('end_date >', date('Y-m-d H:i:s'));
Du kan också använda MySQL:s NU() för detta.
$this->db->where('end_date > NOW()', NULL, FALSE);
EDIT:Om du vill använda aliaset my_end_date
, kan du använda HAVING istället för WHERE.
$this->db->having('my_end_date > NOW()', NULL, FALSE);