Även om jag aldrig har gjort det här själv har jag läst och sett tutorials om det. Handledningen finns här och den är särskilt märkt "Integrating Flex with PHP using XML" och finns längst ner på sidan.
http://www.adobe.com/devnet/flex/videotraining/
Den beskriver i princip hur man använder Flexs HTTPService för att interagera med ett PHP-skript. Detta PHP-skript kan användas för att kommunicera direkt mellan din flashapplikation och din mysql-databas med hjälp av GET och POST vars.