Tabellstatistik (används av EXPLAIN) är baserad på systemcachelagrade värden som kanske inte är korrekta.
http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/en/using-explain.html säger:
Så "count()"-versionen av frågan kommer att vara korrekt, eftersom den verkligen kommer att "räkna" befintliga rader. "Explain"-versionen räknar inte nödvändigtvis dina rader, men kan använda en uppskattning/cache. Explain är inte avsett att faktiskt användas i kod eller produktion - det är bara ett verktyg som hjälper dig att analysera dina frågor.