Jag skulle definitivt gå för en ORM, åtminstone om du arbetar med ett stort projekt, för vilket du inte vill använda mysqli_* eller PDO-funktioner/-metoder direkt -- doktrin
är den mest utvecklade/använda, nuförtiden (Det är standard-ORM för symfony Framework, och kan integreras i Zend Framework ganska enkelt) .
Om E_DEPRECATED dock fel :PHP 5.3 är ganska ungt, och många bibliotek/programvara/projekt har inte anpassats ännu -- du kommer förmodligen att ha många av dem under de närmaste månaderna :-(