Du använder inte SQLAlchemy istället för MySQLdb – du använder SQLAlchemy för att komma åt något som MySQLdb, oursql (en annan MySQL-drivrutin som jag hör är trevligare och har bättre prestanda), sqlite3-modulen, psycopg2 eller vilken annan databasdrivrutin du använder.
En ORM (som SQLAlchemy) hjälper till att abstrahera bort detaljerna i databasen du använder. Detta gör att du kan undvika de skumma detaljerna i det databassystem du använder, undvika risken för fel ibland (och introducera möjligheten för andra) och göra porteringen trivial (åtminstone i teorin).