Enligt ett av svaren på detta fråga, kan ditt problem orsakas av ändringar i MySQL 5.6 (se InnoDB Notes på http://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/news-5-6-20.html ):
Hjälper det om du ändrar innodb_log_file_size till något större än 50M? (För att ändra den variabeln krävs några steg för att fungera korrekt: