Jag skulle gissa att du använder en lagringsmotor som stöder transaktioner (t.ex. InnoDB) men du anropar inte db.commit() efter DELETE. Effekten av DELETE kasseras om du inte förbinder dig.
Se http:// mysql-python.sourceforge.net/FAQ.html#my-data-disappeared-or-won-t-go-away :
Se även denna liknande SO-fråga:Python MySQLdb-uppdateringsfråga misslyckas