Problemet här verkar okomplicerat nog.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
Tråd 189 (en klientanslutning) är inaktiv, och som varit ett tag, men den har lämnat en transaktion igång. Detta är förmodligen en bugg i koden som använder databasen, eftersom det inte är meningsfullt att låta en pågående transaktion pågå i nästan en timme.
mysql> KILL 189;
Det borde släppa metadatalåset... men du måste ta reda på varför detta händer. Bad Things™ kommer att hända om en applikation inte beter sig bättre än så här.
Dessutom... din applikation ska inte ansluta som root . Inte relaterat till problemet, men inte bra, om det är vad det är.