CREATE TABLE IF NOT EXISTS misslyckas med tabellen existerar redan

Prova detta

$query = "SELECT ID FROM USERS";
$result = mysqli_query($dbConnection, $query);

if(empty($result)) {
                $query = "CREATE TABLE USERS (
                          ID int(11) AUTO_INCREMENT,
                          EMAIL varchar(255) NOT NULL,
                          PASSWORD varchar(255) NOT NULL,
                          PERMISSION_LEVEL int,
                          APPLICATION_COMPLETED int,
                          APPLICATION_IN_PROGRESS int,
                          PRIMARY KEY  (ID)
                          )";
                $result = mysqli_query($dbConnection, $query);
}

Detta kontrollerar om något finns i tabellen och om det returnerar NULL du har inget bord.

Det finns heller ingen BOOLEAN datatyp i mysql, bör du INT och ställ bara in den på 1 eller 0 när du infogar i tabellen. Du behöver inte heller enstaka citattecken runt allt, precis när du hårdkodar data i frågan.

Så här...

$query = "INSERT INTO USERS (EMAIL, PASSWORD, PERMISSION_LEVEL, APPLICATION_COMPLETED, APPLICATION_IN_PROGRESS) VALUES ('example@sqldat.com', 'fjsdfbsjkbgs', 0, 0, 0)";