Det är installationsspecifikt, men om du har /var/lib/mysql, då:
- MyISAM-tabeller kommer att lagras i enskilda filer i /var/lib/mysql/
databasename/ - InnoDB finns i /var/lib/mysql/ibdata (såvida du inte har använt inställningen innodb_per_table, i vilket fall den lagras ungefär som för MyISAM-tabeller)