Frågan har inget med relationsmodellen eller SQL att göra. Det är en prestationsfråga.
I vissa databaser är det mer effektivt att ordna kolumnerna på ett specifikt sätt på grund av hur diskåtkomsten utförs. Huruvida det finns betydande fördelar är också plattformsspecifikt. Det är ett lågnivå-i/o-problem relaterat till hur den underliggande lagringen är utformad och hur den nås av motorn. Proprietära motorleverantörer tillhandahåller i allmänhet denna information via sina utbildnings- och träningsavdelningar.
Jag tror att du skulle behöva prata med någon som känner till de tråkiga detaljerna i lagringsmodellen och i/o-metoderna för MySQL på din specifika plattform eller någon som har benchmarkerat detta på din plattform för att få ett svar.
Det är fullt möjligt att de lägger ner den på disken på ett optimerat sätt och gömmer kolumnbeställningen från dig.