Installationsinstruktionerna för mysql föreslår att du kopierar /usr/local/Cellar/mysql/5.1.54/com.mysql.mysqld.plist till ~/Library/LaunchAgents så att Mac OS X automatiskt startar mysqld när du loggar in.
Om du har ställt in mysqld på det här sättet så är launchd process, som styr LaunchAgents i Mac OS X v10.4 och senare, kommer automatiskt att starta om mysqld-processen så snart den dödas av mysql.server stop kommando. Detta kan vara orsaken till felmeddelandet, eftersom servern startas om automatiskt.
Testade precis detta på min Mac. Körde mysql.server stop kommandot tio gånger och varje gång startade 'launchd' om msyqld-processen efter ungefär en sekund. Sex gånger slutade kommandot med ett "FRAMGÅNG!" meddelande. Fyra gånger slutade det med meddelandet "FEL! Hanteraren av pid-filen avslutas utan att uppdatera filen".
UPPDATERING:Insåg precis att jag inte nämnde hur man stoppar mysqld-servern om den startas av launchd.
Här är kommandot för att stoppa mysqld-demonen.
launchctl unload -w ~/Library/LaunchAgents/com.mysql.mysqld.plist