Att använda temporärt innebär att MySQL måste använda vissa temporära tabeller för att lagra mellanliggande data som beräknas när du kör din fråga.
Att använda filesort är en sorteringsalgoritm där MySQL inte kan använda ett index för sortering och därför inte kan göra hela sorteringen i minnet. Istället delar den upp sorteringen i mindre bitar och slår sedan samman resultaten för att få den slutliga sorterade informationen.
Se http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.0/en/explain-output.html .
Jag tror att du kanske använder en ORDER BY plus någon härledd tabell eller underfråga. Det skulle vara bra om du kunde klistra in din fråga och relevant tabell/indexinformation och EXPLAIN-utdata.