Den enklaste lösningen (beroende på dina specifika behov) skulle förmodligen vara att lägga till en på uppdatering/infoga/ta bort trigger i din tabell, så att du kan utföra extra loggning när data infogas/uppdateras/raderas. På så sätt täcks även manuella ingrepp på db...
Kolla http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/en/triggers.html för mer information.