En lösning som finns i http://bugs.mysql.com/bug.php? id=6980 , som fungerade för mig är att skapa ett alias till underfrågan som returnerar objekten. Så
delete from table1 where id in
(select something from table1 where condition)
skulle ändras till
delete from table1 where id in
(select p.id from (select something from table1 where condition) as p)