Parametern connect_timeout är endast giltig vid anslutningstidpunkten. Det är användbart att kontrollera om din DB-server kan nås inom 20 sekunder eller så. När den är ansluten är den angivna timeout inte längre giltig.
Jag hittar ingen parameter för frågetimeout på den officiella mysql-manualsidan:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html så jag tror inte att detta är möjligt.