Efter att ha gått från MySQL 5.0 till 5.5 fick jag reda på att jag plötsligt måste aktivera LOCAL INFILE specifikt när jag skapar anslutningen i PHP.
Använder mysql:
mysql_connect(server,user,code,false,128); // 128 enables LOCAL INFILE
mysql_select_db(database);
Använder mysqli:
$conn = mysqli_init();
mysqli_options($conn, MYSQLI_OPT_LOCAL_INFILE, true);
mysqli_real_connect($conn,server,user,code,database);