Det finns förmodligen något sätt att göra detta via MySQL, men det enkla (och pålitliga) sättet är att använda PHPs microtime funktion, som returnerar den aktuella tiden som millisekunder.
Några exempelkod:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds