Nej.
MySQL- och MySQLi-tillägget är "drivrutiner" som tar hand om kommunikationen mellan PHP och MySQL-databasservern;
de gör inte ändra intervallet av SQL-kommandon som MySQL-servern förstår.
Så så länge som DB-abstraktionslagret tar hand om vilka PHP-funktioner som ska användas för vilket ändamål för dig (och ett ramverk som CI borde absolut göra det), finns det inget att oroa sig för när det gäller de faktiska frågorna.